Nació el primero de marzo de 1950 es hijo de Margarita Facussé de Flores y Oscar Flores , abogado, ensayista y periodista, dueño del Diario La Tribuna. Los estudios primarios y secundarios los realizó en la Escuela Americana de Tegucigalpa y los superiores en Lousiana State University, en los cuales se destacó como alumno prominente, obteniendo el título de ingeniero industrial con un post grado en economía y finanzas y a continuación el doctorado de Honoris Causa. Fue ahí donde conoció a su esposa Mary Flakes con quien ha procreado dos hijos.

A su retorno a Honduras, incursionó en la actividad privada dirigiendo distintas empresas y actuando como representante ante la Junta Directiva de varias instituciones descentralizadas del Estado en representación de las fuerzas vivas.

Fue catedrático en la Universidad Nacional Autónoma de Honduras y de la Escuela Superior Bancaria Centroamericana. Fue miembro del Consejo Hondureño de la Empresa Privada, Club Rotario, Asociación de Ingenieros Industriales y Asociación Nacional de Industrias.

A muy temprana edad incursionó en la política siendo delegado de la Convención Liberal y Presidente del Consejo Departamental de Francisco Morazán. Posteriormente fundó el Movimiento Liberal Florista y alcanzó la presidencia del Consejo Central Ejecutivo de su partido.

Fue diputado de la Asamblea General Constituyente, diputado al Congreso Nacional, ministro de la Presidencia y presidente de la Cámara Legislativa de 1994 a 1997. de donde saltó a la presidencia de la República para el periodo de 1998-2002.