Asumió la jefatura del Estado del 3 de octubre de 1963 al 5 de noviembre de 1965. una Asamblea Nacional Constituyente, dominada por diputados nacionalistas lo eligió Presidente de la República hasta el 5 de junio de 1971. En su gestión se crearon la Empresa Nacional Portuaria, el Banco de los Trabajadores y el Instituto Nacional de Jubilaciones y Pensiones del Magisterio, también se produjo la guerra entre Honduras y El Salvador.

En 1972 derrocó al doctor Ramón Ernesto Cruz y en este nuevo período ocurrió el “Soborno Bananero” por el que López perdió el poder en 1975.