Nació en Tegucigalpa el 17 de marzo de 1858, hijo del abogado Inocencio Bonilla, originario de Nicaragua y la hondureña Juana Vásquez igual que su padre, fue profesional del derecho.

Ocupó cargos en el gobierno del doctor Marco Aurelio Soto. Durante la administración del general Luis Bográn fue diputado del Congreso Nacional y Gobernador político de Tegucigalpa. Ejerció la Presidencia de Honduras del 24 de diciembre de 1893 al primero de febrero de 1899 para el historiador nacional Rafael Heliodoro Valle, Bonilla constituye “el héroe que dio a Honduras, con la transformación política, una nueva conciencia”.